L’augmentation rapide de l’effectif (19 collaborateurs en 1996, 34 en 2007) a permis de créer des secteurs autonomes dirigés par des spécialistes et de s'attaquer aux retards d'inventaire. Le transfert de la pellicule sur support vidéo pour la consultation est systématisé. La bibliothèque est informatisée, les fonds spéciaux et les dossiers de presse sont regroupés. La restauration des films suisses s’intensifie avec l’appui financier de Memoriav. La sortie du premier des 8 DVD édités à ce jour, « Il était une fois... la Suisse », en décembre 2002, est un premier bilan tangible d'une activité liée aux défis de l’avenir: la conservation appropriée des images filmiques, leur accessibilité au public et l'utilisation des nouvelles technologies audiovisuelles.

A la fin des années 1990 déjà, la Cinémathèque doit envisager des projets de transformation qui s'avèrent vitaux pour son fonctionnement: aménagement de bureaux supplémentaires au Casino et extension du Centre d'archivage de Penthaz sous forme d'une construction en silo à immédiate proximité. Ce dernier projet, entrepris de concert avec la Confédération, après de longues négociations, s'impose de toute urgence afin de créer des lieux de dépôt climatisés (conservation photochimique de pointe), ainsi que de nouveaux espaces de stockage pour les documents iconographiques.

Avec le Nouveau Centre d'archivage de la Cinémathèque se dessine non seulement un projet d'envergure, à la mesure de l'enjeu que représente la conservation du patrimoine cinématographique dans notre pays, mais également la Cinémathèque suisse de demain: une archive toujours plus performante pour accueillir le public et les chercheurs, et pour offrir des conditions de travail modernes à nos collaborateurs.

Le crédit de constructions de l'Office fédéral des constructions et de la logistique (OFCL) incluant le projet d'un Nouveau Centre d'archivage de la Cinémathèque sur le site de Penthaz a été voté au Parlement le 16 décembre 2008.